Объясните пожалуйста написание "are" и "is" в таких специальных вопросах?
например:
Who is that man?
и
Who are you?
 То есть почему в первом вопросе "is", а во втором "are" ?

Все просто. IS это форма используется с единственным числом. he is man. she is women. it is bad.
а так как на английском you это Вы является множественным числом, то и используется are. You are men. They are men. We are men.