You’re really late! …. for you for over an hour!
A)Have waited B) was waiting
C)Have been waiting
В ответах правильно В, но надо объяснить почему, помогите пожалуйста...

Не может быть B,так как Past Continuous указывает действие ,которое происходило в определенное время в прошлом и нет упоминания, когда оно началось или закончилось.
В данном предложении Present Perfect Continuous указывает на действие, которое началось в прошлом, продолжалось в течение некоторого времени и либо закончилось непосредственно перед разговором или все еще продолжается в момент разговора.

C)Have been waiting 

Мы используем здесь паст континус, потому что выражение говорит про прошлое, он ждал час, но уже не ждёт. Поэтому А отметаем. С - это больше для длительного времени используется, не для одного часа ожидания, поэтому тоже нет.